В 1973 году по инициативе члена—корреспондента РАМН, профессора Юрия Михайловича Панцырева на лечебном факультете 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова была организована кафедра госпитальной хирургии №2, размещенная на базе ГКБ №31. Уже в то время здесь были проведены перспективные разработки проблем диагностики и хирургического лечения язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, ургентной патологии органов брюшной полости. Впервые в стране разработаны и внедрены органосохраняющие операции на желудке в сочетании с ваготомией. Почти полвека работает на кафедре кандидат медицинских наук Инна Валентиновна Бабкова. Научно-педагогическую деятельность она сочетает с практической деятельностью врача ультразвуковой диагностики в ГКБ №31. С 2000 года кафедру возглавляет ее воспитанник, профессор, Заслуженный деятель науки РФ Сергей Георгиевич Шаповальянц. При нем продолжилось успешное внедрение лапароскопических вмешательств при заболеваниях органов панкреатобилиарной зоны, перитоните, спаечной кишечной непроходимости. Полная взаимозаменяемость и слаженность в работе, существующая между сотрудниками кафедры и практикующими врачами-хирургами, позволяет добиваться значительных успехов в лечебном процессе. Университетская клиника хирургических болезней, плотно сотрудничает с отделением оперативной эндоскопии, благодаря чему есть возможность оказывать помощь, проводить исследования и оперативные вмешательства, в более короткие сроки. Сегодня хирургическая клиника ГКБ №31 включает в себя два хирургических отделения больницы, кафедру госпитальной хирургии №2 РНИМУ им. Н.И. Пирогова, программную научно-исследовательскую лабораторию хирургической гастроэнтерологии и эндоскопии, а также учебно-методический центр эндоскопических технологий ОЛИМПАС.

  Клиника неврологии в ГКБ № 31 была открыта, как вторая клиническая база кафедры фундаментальной и клинической неврологии РГМУ им. Пирогова под руководством члена – корреспондента РАМН, профессора, д.м.н. В.И. Скворцовой. Клиника представлена отделением реанимации и неврологическим отделением. Именно на базе отделений впервые в нашей стране были реализованы на практике те подходы в оказании помощи пациентам с ОНМК, которые в настоящее время являются стандартными - реперфузионная терапия, мультидисциплинарный подход и эффективная вторичная профилактика. Благодаря тому, что клиника непосредственно сотрудничает с университетом, были подготовлены кадры для реализации сосудистой программы в большинстве регионов страны. С самого начала работа отделений была построена на принципах преемственности и этапности оказания медицинской помощи пациентам с ОНМК, была выстроена система маршрутизации, взаимодействия между специалистами мультидисциплинарной бригады, включающей невролога, анестезиолога-реаниматолога врачей и инструкторов ЛФК, логопеда, кардиолога, психиатра. На базе клиники неврологии проходили апробацию многие реабилитационные методики, такие как: тренажер "экзоскелет кисти с кинестетической и виртуальной обратной связью", тренажеры виртуальной реальности, система “НейроЧат”. Университетская клиника неврологии и реабилитации РНИМУ им. Н.И. Пирогова активно продолжает сотрудничество неврологической службой, на базе отделений проводится обучение, стажировка молодых специалистов, активно ведется научная работа.

  Университетская клиника внутренних болезней РНИМУ им. Н.И. Пирогова. Ведёт свою работу в тесном сотрудничестве с отделением терапии и кардиологии с палатой реанимации и интенсивной терапии, и отделением рентгенхирургических методов диагностики и лечения. Проводятся лекции, обучения, разборы тяжелых больных, консилиумы. Сотрудники отделений активно ведут собственные научные исследования, результаты которых представляют на Международных конгрессах и съездах, публикуют в научных медицинских изданиях. Приоритетным является индивидуальный подход к пациенту с разработкой индивидуальной схемы лечения и подбором оптимальной терапии с учетом достижений доказательной медицины, мировых стандартов по лечению заболеваний и коррекции факторов риска. Сотрудники университетской клиники активно участвуют в клинических исследованиях II-IV фазы в области терапии, кардиологии, эндокринологии и других разделах внутренних болезней; отечественных и международных регистрах.